“立即还击！”大明水师在郑成功的指挥下，个个奋勇争先，开炮还击！
经过几番激烈的战斗，荷兰“赫克托”号甲板被击中，大窟窿直往上冒水。
“这是个好机会！”大将陈冲指挥五艘战舰包围了赫克托号，一阵猛轰，将它击沉。
“快撤！”其他荷兰战舰也被炮火击中，发现形势不对，企图逃跑，又被郑成功指挥明军舰船紧紧包围，展开接舷战、肉搏战。
英勇的明军士兵爬上“格拉弗兰”号，砍断船靠，又用铁链扣住敌舰船头斜桅，放火焚烧荷兰的船只。
荷军的“格拉弗兰”号和“白鹭”号受重创搁浅，通信船“伯玛丽亚”号战败后一路狂奔，准备逃往巴达维亚求援，结果被施琅的战舰击沉。
荷军的海、陆作战均告失败，又无法求援，赤嵌城和台湾城成为两座孤立的城堡。
但是郑成功了解到，驻守赤嵌城堡的荷兰人有三四十门火炮，它们安装在赤嵌城的最高处，这些火炮属于当时最先进的“要塞炮”，重达三千五百多斤，射程可以达到三千米，要是强攻明军也会损失惨重。
郑成功指挥大军攻城，一连三日，不但没有攻下，而且还伤亡不小。
这时，天助郑成功，有个当地华人跑出城，报告郑成功：“大帅，赤嵌城的水都是从城外高地流下来的，只要切断水源，荷兰人就不战自乱。”
“好办法，重赏一千两！”郑成功马上切断赤嵌城的水源。城内的人没有水喝了，孤城难守，只好挂白旗投降。
这样，郑成功的水师收复了赤嵌城。
施琅也是一员猛将，命令军队从鲲南端登陆，移扎鲲山即一鲲，候令进攻台湾城，在第三天的凌晨摧毁了台湾城大部分胸墙。
“勇士们，为了伟大的荷兰女王，快还击！”揆一赶紧指挥荷军于城上集中枪炮还击，还派人出城抢夺明军大炮，被明军弓箭手击退，损失惨重。
郑成功还请他的父亲郑芝龙派军事船队封锁了台湾海峡。同时，郑成功还到高山族聚居的四大社进行巡视，拉拢当地人民，受到他们的热烈欢迎！
袁嘉升还派满黑龙率战船20艘抵达台湾，援助郑成功了大量的粮食和弹药。
明军供给得到补充后，郑成功下令在所有通向台湾城堡的街道上都筑起防栅，并挖了一条很宽的壕沟，围困荷军。
“这是你们最后的机会！”郑成功写信劝揆一投降。
“休想！”揆一仍幻想巴达维亚的荷兰人会派兵增援台湾。
荷兰殖民当局得到荷军在赤嵌城战败和台湾城被围的消息后，匆忙派了700名士兵、10艘军舰，由雅科布考乌率领前去增援，结果又碰到了郑芝龙的舰队。
“开炮！”郑家水军很隐蔽，当敌舰闯入埋伏圈后，郑芝龙立即下令万炮齐发。
经过三小时激战，击毁荷舰五艘，俘获小艇三艘，其余舰船逃往巴达维亚。
揆一见荷军的企图完全落空了，知道荷兰人要滚出台湾了，于是向明军投降：“愿罢兵约降，请乞归国”。
台湾光复的消息传到京城，明朝的文武百官和老百姓没太多关注，在他们的认知当中，此时的台湾跟一个荒岛没有多少区别。
袁嘉升大喜，他知道，以台湾为海军基地，征服南洋和日本就要容易得多，他立即下旨，单独设立台湾府，从中原等灾区移民五十万人去开垦台湾，还在台湾驻军五千，台湾从此回到中国，成为中国不可分割的领土。
并且，袁嘉升兑现了自己的承诺，封郑芝龙为安南王，还大力褒奖郑成功的战绩，将阿九公主嫁给了郑成功。
此时，袁嘉升安插在盛京的线人来报，睿亲王多尔衮和肃亲王豪格两派已经势不两立，多尔衮要铲除豪格，还逼迫顺治皇帝加封他为皇叔父摄政王。