辩机的家世和详细履历，今已难以详考。这是因为他获罪之后，僧传不敢为他立传，其他文献也尽量对他的事迹避而不提造成的。但据一些零星的记载，我们对他的生平还可以得到一个大概的认识。
据他在《大唐西域记》卷末的《记赞》中自述，他少怀高蹈之节，15岁时剃发出家，隶名坐落在长安城西南隅永阳坊的大总持寺，为著名法师道岳的弟子。后来道岳法师被任为普光寺寺主，辩机则改住位于长安城西北金城坊的会昌寺。十余年中潜心钻研佛学理论，至贞观十九年(645年)玄奘法师回国在长安弘福寺首开译场之时，便以谙解大小乘经论、为时辈所推的资格，被选入玄奘译场，成为九名缀文大德之一。是时辩机的年龄约当26岁。
与辩机同时入选为缀文大德的另外8人是西京普光寺沙门栖玄、弘福寺沙门明濬、终南山丰德寺沙门道宣，简州(治所在今四川简阳县西北)福聚寺沙门靖迈，蒲州(治所在今山西永济县西)普救寺沙门行友，栖岩寺沙门道卓，豳州(治所在今甘肃宁县)昭仁寺沙门慧立，洛州(治所在今河南洛阳)天宫寺沙门玄则。9人皆为一时上选，而辩机、道宣、靖迈、慧立4人名声特著，因为他们除了参与译经之外，都另有史传著作行世。例如辩机编撰了《大唐西域记》，道宣著有《大唐内典录》、《续高僧传》，靖迈著有《古今译经图记》，慧立则有《大慈恩寺三藏法师传》，不但功在释氏，且为一般士人所喜读而乐道。
4人中辩机最年轻，风韵高朗，文采斐然，尤为俊异。他在玄奘译场中担任缀文译出的经典计有《显扬圣教论颂》1卷，《六门陀罗尼经》1卷，《佛地经》1卷，《天请问经》1卷；又参加译出《瑜伽师地论》要典，在100卷经文中由他受旨证文者30卷，足见他才能兼人，深受玄奘器重。
《大唐西域记》一书，是玄奘奉唐太宗的诏命撰著的重要著作。此书记述玄奘游历西域和印度途中所经国家和城邑的见闻，范围广泛，材料丰富，除大量关于佛教圣迹和神话传说的记载外，还有许多关于各地政治、历史、地理、物产、民族、风尚的资料。当时唐太宗怀着开拓疆域的大志，急切需要了解西域及其以远各地的上述情况，所以初与玄奘见面，便郑重地嘱他将亲睹亲闻，修成一传，以示未闻。玄奘见太宗如此重视，不敢怠慢，特选自己最所倚重的辩机作撰写此书的助手，将自己游历时记下的资料，交给辩机排比整理，成此巨著。此书问世后，影响极大，致使一些同类著作相形见绌。如隋代吏部侍郎裴矩所撰《西域图记》、唐初出使西域的王玄策所撰《中天竺国行记》，唐高宗时史官奉诏撰成的《西域图志》，今皆不传，唯独《大唐西域记》流传下来，备受中外学者的珍重。这固然由其书内容丰富所决定，也与它的文采优美有关。
辩机仪表堂堂，才华横溢，使他深受师傅的赏识，同侪的爱戴，却也因此而招惹了是非，以致杀身之祸。事情的起因，在于他不幸遇见风流放荡的高阳公主，被迫与她发生了暧昧关系。
这高阳公主是唐太宗的第十七女，年龄与辩机相仿，特受太宗钟爱，因此骄恣无忌。她下嫁给名相房玄龄的少子房遗爱。房遗爱也因高阳公主得宠之故，特受太宗的优礼，远过于其他的女婿。
有一次，高阳公主与房遗爱带着大批随从，到郊外打猎取乐。其时辩机所住的寺院恰巧就在猎场附近。高阳公主驰猎之暇，进寺游览歇息，得见辩机，一下子就迷上了他的风采。交谈中又见这位伟岸倜傥的年青僧人吐辞高雅，见识广博，更增爱慕情愫。于是立即分付将自己的华贵卧具搬至寺中铺设，并具盛馔邀辩机对酌。另外派两位女子服侍房遗爱到别处歇宿。迫于公主的淫威，房遗爱敢怒而不敢言，辩机一时糊涂，也曲与公主周旋。当晚，辩机便与公主同房共枕。从此之后，一发难收，两人时相过从。公主私下赠给辩机的服玩、珍宝、财帛，价值巨亿。
但高阳公主的情欲，并非得一辩机就可满足。此后她又先后与僧人智勗、惠弘，道士李晃、高医私通。在物质上和权势上，她也是欲壑难填。房玄龄一死，她就怂恿房遗爱与哥哥房遗直分家折产，自立门户，反过来向太宗诬告房遗直不守礼法。太宗调查出事实真相，严厉地责备了高阳公主，从此对她的宠爱稍弛。高阳公主不反省自己的过错，反而心生怨望，并进一步恣行不法，由是引起了执法官员的注意。御史官发现了高阳公主与辩机的暧昧关系，借口劾盗，搜查了辩机的住所，搜出了公主赠给辩机的金宝神枕。在严刑面前，辩机供出了与高阳公主私通及接受公主馈赠的实情。太宗十分震怒，下令腰斩辩机，同时杀戮奴婢十余人。时在贞观二十二年(648年)七月房玄龄已卒之后，贞观二十三年五月唐太宗驾崩之前，辩机约莫30岁。
一位前途无量的学问名僧，在风华正茂之年，因迫于无行公主的淫威，亏却德行，惨遭殊死，时人莫不为之暗暗惋惜。碍于皇家的体面和尊严，当然无人敢于公开为他吊唁哀悼，只有他的生前友好，在有关记载中用委婉曲折的笔致，提到他当年译经撰文的功业，稍稍寄托对他的哀思。例如道宣在《大唐内典录》和《续高僧传·玄奘传》中，一再提到辩机参与玄奘译场，担任执笔、录文之役。这两书皆作成于辩机被戮之后十几年，本可避而不提辩机名字，但道宣题之至再，显见他追怀往事，耿耿思念之情难以抑制。
唐贞观末年，在长安街上抓住一名小偷。这件事虽微不足道，但所缴获的赃物却非同一般，那是一个镶金饰银、艳丽夺目的女用豪华玉枕，绝非一般人所用之物。经过严厉的审问，小偷招供，玉枕乃从弘福寺内一个沙门的房间里偷出来的，这个沙门就是辩机和尚。
关于辩机的经历、俗名、出生地、家世、父母等，无人知晓。只是在《大唐西域记》的卷末语中，有辩机稍作自我介绍的谦词，说他继承远祖隐逸之士的血统，自小怀着高操的志节，专心学问。15岁时，出世为僧，在大总持寺作为道岳法师的弟子。贞观19年正月，唐玄奘得到御准，在弘禅寺院译经。从事译著的缀文大德九人中，最有名的就是长安会昌寺的沙门辩机。辩机当时只有26岁，已经以渊博的学识、优雅流利的文采而知名了。因此获选为唯一撰写《大唐西域记》的高僧。偷盗案发时，辩机正在弘福寺从事他的译经工作。
如果小偷盗去的是香炉或文具，就不会有人怀疑，但豪华艳丽的女玉枕头却和高僧没有一点关系。御史台立刻召辩机询问。起初，辩机态度强硬，坚不吐实，但在巧妙而又严格的审问下，终于无法隐瞒，坦白说出这是高阳公主亲自赏给他的东西。事情既然关系到唐太宗的爱女高阳公主，问题就不简单了。官方经过调查，很快就知道了，高阳公主下嫁房玄龄之子房遗爱后不久，即和辩机发生了密切关系，而且已经持续**年之久了。
说到房遗爱，他和以学识、识才知名的父亲不同。从小讨厌学问，却有一身蛮力。他借着父亲的威势，成为唐太宗爱女高阳公主的丈夫，因此被封为右卫将军，得到了比其他驸马都尉优厚许多的待遇。只有蛮力的房遗爱，在儒教风行的国度里，等于是不学无术；骄傲、年轻有魅力的高阳公主，对他根本不感兴趣。从一开始就很不满意，从懂事起，高阳公主没有受过指责，在任性、奢侈中长大，但对于一生中最重要的婚姻，却只能由父皇和重臣们安排决定。对象不是功臣，就是他们的子弟。公主，不外是给功臣的一件奖品而已。即使目空一切的高阳公主，对父皇决定和选择的对象，不喜欢，也不能反对。高阳公主气愤之余，从结婚那天起就不接纳丈夫。
婚后不久的某一天，公主和丈夫到长安郊外的公主领地打猎。当时的辩机，住在一处无名的草庵里，正在用功读书。公主累了，想休息休息，房遗爱和侍从就带着公主到草庵这里来，贵人突然造访，辩机放下一切，急急出来招呼。公主见到这位年轻的僧人，立刻两颊绯红。虽然，辩机穿着粗布衣裳，仍然可以看出他的英俊和饱有学识。敏感地察觉出公主感情变化的辩机，也突然陷入一般男女的烦恼之中，在荒野破旧的草庵里勤奋向学，突然出现了丽如牡丹的年轻贵夫人，用热情的眼光凝视他，这对辩机来说，正如女菩萨显现，来拯救他年轻人的烦恼。当时他只有二十一二岁左右，公主大约是十五六岁。
随从和宦官、宫女们，把携带的帐床等用具，抬进草庵。公主将辩机召进去，两人立刻就任**烧身了。这时房遗爱象对女主人尽忠的良犬，怕这件事泄露，以其他随从妨碍\"公主休息\"为名，全部斥退。自己担任护卫。此后，在房遗爱的护卫下，公主和辩机继续幽会。公主为了报答房遗爱的合作，特别送他两名年轻、美丽的侍女。他们之间生活得很好，两人还彼此互相同情。
公主陶醉在女人的幸福里，她美丽的容貌不需胭脂就散发出玖瑰色的红晕，眼睛闪烁着艳丽的光泽。虽然，这是有夫之妇与犯女戒的憎人所做出的不可宽恕的偷情，但对高阳公主来说，是有生以来第一次恋爱，是使身心都变得生动、兴奋的青春之恋。正因是不可告人的恋情，情火也更为炽烈。继续幽会之后，辩机便感到烦恼多于欢乐，万一事情被揭穿，怕影响学术抱负，使他非常苦恼。但是，一旦与公主相会，美丽的女菩萨的热情，便使他身心皆醉，为此，他宁愿受地狱之苦刑。事后，心理矛盾，又使他痛苦不堪。
被选为无上光荣的译经者，对辩机而言，是心中矛盾的一大救星。他要借这个机会摆脱烦恼，专心致力于这项伟大的工作。在译经的工作中，他比年长于自己的大师们，负责更多的部分，更特别被选为《大唐西域记》的撰写人。就算辩机英才卓绝，如果精神仍为偷情分散，是没有办法完成这项伟大的工作的。高阳公主虽然满怀热情，但为了情人的光荣使命，也只好退让了。公主把玉枕交给辩机，泪水盈盈地看着自己所爱的男人说：\"真的，这只是暂时的忍耐，如果从此不能相见，我实在无法忍受，在我们相见之前，就把这个枕头当作是我，每天晚上抱着它吧！\"没料想，玉枕却成了奸情的凭证。御史公的奏文送到唐太宗的手里，太宗怒发冲冠，咬牙切齿，立刻下诏，将辩机处以腰斩的极刑。腰斩，就是把**的罪人放在大木板上，从腰间斩成两段，这恐怕是世界上最凄惨的极刑了。
刑场设在长安西市场的十字路口，那里有一棵古老的柳树。围观的群众听说这一次能看到难得一见的腰斩极刑，个个兴奋异常。而且，罪人又是平时高傲神气的佛憎，30岁左右就被视为高憎俊才，居然和天子的千金又是有丈夫的女人偷情破戒的和尚。这就更撩拨起他们如过年过节般的兴奋。当时的佛教以大乘为主，且仅属于知识阶层，是贵族文化的一部分。对一般民众来说，过分高雅、难解。为求生意兴隆，全家平安或治愈疾病，一般市井小民们都依靠道教或道佛混淆如巫术一般的稀奇古怪的东西。民众对于身份高的人有悲惨的结局，时常报以掌声，以发泄平时的怨气。辩机处刑时，汹涌而来的群众不断吼叫、揶揄、嘲笑，担任刑场警卫的士卒，几乎喊破了喉咙，忙着整顿秩序。深受玄奘、道宣等其他大乘佛教界高僧期许的才俊，年轻而有学问的僧人辩机，在群众的怒骂和嘲笑里，受尽难以名状的地狱之苦，在惨叫声中断气。
辩机处死后，高阳公主的奴婢数十人被处斩刑，表面上对公主和房遗爱没有处罚，却无限期地禁止公主入宫。公主几乎快发疯了。她把自己关在卧室里，不许任何人进去，拒绝吃东西，揪发捶胸，咬破衣服，如疯狂的女鬼，日夜嚎哭。公主所以没有随辩机之后自杀，也没有真正发疯，为的是心中充满对父皇的憎恨，有一天，一定要向父皇报复。这种如鬼般惨厉的决心，才使公主活了下去。不久之后，公主停止了蛰居生活，为了复仇而活着。她的相貌已没有了往日的影子，丰满的脸颊已消瘦，原来洋溢着幸福光泽的瞳孔，如今充满了阴冷凶暴的光芒，时而象鬼火一般闪过，以前的高阳公主已经随着辩机消逝了。
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