而整个南直隶也设有重兵，而南直隶卫所共有34卫12所，满编制为20384万人，新江口营下辖的水师员额共17万人，是南直隶最强大的水师。
故而嘉靖认为南京的守备可以说得上固若金汤了，他不无得意的说道：“国家以南京都城根本重地，据长江天险，分京城各卫官军为五营。在城三营：神机营，大教场，小教场；京城之外二营：江南设新 江口水军以御水寇，江北设浦子口陆军以御陆宼，水陆二军南北掎角，互为声势，使水寇不得以登岸，陆寇不得以渡江，虽二军不同， 皆以拱卫都城。五营通属内外守备参赞尚书节制。”
见嘉靖这么自得，杨博不由得说道：“陛下，南京京营比之北京更加糜烂，军士逃亡，器甲不全，怠于操练，本来官军闲暇，谕令操习，盗贼生发，调兵剿杀，而南京京营久不出战，早已懈怠，不堪上阵矣！”
作为兵部左侍郎又是嘉靖心目中得知兵之臣，杨博得话在嘉靖心里得分量很重，嘉靖当然知道京营糜烂，但是此话从杨博嘴里说出来，意义有不一样了，嘉靖不由得看了杨博一言，说道：“惟约是知兵的，说说看以往怎么对付倭寇的。现在倭寇猖獗，当何以制之。”
其实大明在南直隶的驻军，除了拱卫南京，震慑宵小之外，最重要的就是备倭，之前嘉靖曾设立江淮总兵，给以旗牌敕符， 俾驻扎镇江，提督沿江上下兵防，西自九江、安庆，东及淮、扬、苏、常诸 郡，凡备倭、守备、卫所，及有司巡捕官，悉节制之。
但是由于江淮总兵和操江提督的职守冲突，再加上后来倭寇又没有这么猖獗了，嘉靖二十年又撤江淮总兵，而操江提督专司拱卫南京，并不负责南直隶的备倭。随着倭患益发严重，浙直海防出现合镇的趋势。
杨博说道：“若欲平治倭寇，还需专设武将，统一事权，浙直地势相连，互为唇齿，宜设正副总兵官二员，分驻金山、临山会要之地，共守陈钱，而以参将分守马迹等三山，各督信地，则势成犄角。如此浙直可无虞也！”
听到杨博的说法，嘉靖却皱起了眉头，浙直总兵权力不可谓不大，在他心目中，就算倭寇现在猖獗，单设一总兵来备倭浙直，让嘉靖有些不能接受。因为他知道，按照大明文武相制的传统，有了浙直总兵，就一定会设立浙直总督，按照之前设立浙直总督的职守。
以南京兵部尚书参赞机务，兼都察院右副都御史，总督南直隶、浙江、山东、两广、福建等处军务。一应兵食，俱听其便宜处分。临阵之际不用命者，武官都指挥以下，文官五品以下，许以军法从事。这个权力不可谓不重，让他把整个东南半壁交给一个臣子，他是绝不答应的。
嘉靖想了想说道：“新设总兵，事关重大，还要仔细思量，先严令各部谨守海防，不得令倭寇滋扰。余下的事容后再议吧！”
一众臣子们高呼万岁而去，嘉靖在无逸殿内思考着。